Malta está habitada desde cerca de 5200 a.C., durante o Neolítico (Ġgantija, Mnajdra). Os primeiros achados arqueológicos datam aproximadamente de 3800 a.C. Existiu nas ilhas uma civilização pré-histórica significativa antes da chegada dos fenícios, que batizaram a ilha principal de Malat, o que significa refúgio seguro. Os agricultores neolíticos viveram sobretudo em cavernas e produziram uma cerâmica similar à encontrada na Sicília. Entre 2400 e 2000 a.C., desenvolveu-se um elaborado culto aos mortos, possivelmente influenciado pelas culturas das ilhas Cíclades e de Micenas (idade do bronze). Essa cultura foi destruída por uma invasão, provavelmente vinda do sul da Itália.
Por volta do ano 1000 a.C., as ilhas eram uma colônia fenícia. Em 736 a.C., foram ocupadas pelos gregos e posteriormente passaram a ser domínio dos cartagineses (400 a.C.) e depois dos romanos (218 a.C.), quando receberam o nome Melita. Segundo o livro dos Atos dos Apóstolos, no ano 60 da era cristã São Paulo naufragou e chegou à costa maltesa, onde promoveu a conversão de seus habitantes. A partir desta data, os malteses aderiram ao Cristianismo e permanecem-lhe fiéis até hoje.
Com a divisão do Império Romano em 395 d.C., a zona leste da ilha foi cedida ao domínio de Constantinopla (Império do Oriente). O Império Bizantino controlou-a até 870, quando foi conquistada pelos árabes muçulmanos, que influenciaram o seu idioma e a sua cultura. Após a conquista árabe, Malta foi convertida ao islamismo. A influência árabe pode ser encontrada na moderna língua maltesa, uma língua fortemente romantizada que originalmente deriva do árabe.
Em 1090, o conde Rogério da Sicília conquistou Malta e submeteu-a às suas leis até ao século XVI. Foi nesta época que foi criada a nobreza maltesa. Esta ainda permanece hoje em dia, e há 32 títulos que ainda são usados, sendo o mais antigo: Barões de Djar il Bniete Buqana. Após a conquista pelos normandos da Sicília, Malta voltou a ser cristã. Depois de ser anexada ao reino da Sicília, Malta foi recuperada por forças muçulmanas. Em 1245, Federico II de Hohenstaufen expulsou os árabes e em 1266 as ilhas, junto com a Sicília, passaram ao domínio de Carlos I de Anjou, que as cedeu em 1283 a Pedro III de Aragão. Em 1518, sob o império de Carlos V, foi concedida aos cavaleiros de Rodes.
Em 1530, as ilhas foram cedidas pela Espanha à Ordem Hospitalar de São João de Jerusalém – uma ordem religiosa e militar pertencente à Igreja Católica – que tinham sido expulsos de Rodes pelo Império Otomano. Esta ordem monástica militante, hoje conhecida como “Ordem de Malta”, foi sitiada pelos turcos otomanos em 1565, após o que acrescentaram as fortificações, especialmente na nova cidade de Valetta. Os Cavaleiros de São João de Jerusalém governaram as ilhas até o século XIX.
Em 1798, Napoleão Bonaparte invadiu e tomou Malta. A Grã-Bretanha retomou seu controle em 1800, a partir da rendição do comandante francês, general Claude-Henri Belgrand de Vaubois. Dentre os interventores que contribuíram para o domínio britânico destaca-se Sir Alexander Ball, que veio a se tornar o primeiro governador inglês de Malta.
Por muitos anos, Malta foi governada pelo Império Alemão (micronação) até ser cedida para o Reino da Itália, tornando-se um protetorado italiano. Dom Neimar Bionaz, Príncipe e Cardeal Arcebispo de Treviso, foi nomeado como governador de Malta, por Sua Majestade Francesco III da Itália, assumindo o título de Grão-Mestre da Ordem Soberana e Militar Hospitalária de São João de Malta. Dom Neimar Bionaz muda seu nome para Gerardo II em homenagem ao fundador e primeiro grão-mestre da Ordem de Malta, o Beato Gerardo Sasso.